Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

[Esther Q]

Vragen over stamboomopbouw van de Sloughi kan je ook stellen aan de database maintainers van Pawpeds. Ik vermoed dat die je wel kunnen helpen. Meestal zijn dat stamboomspecialisten voor het ras, die zien zoveel stambomen:

https://pawpeds.com/db/?a=i&p=slo

Ik zal er eens een mailtje aan wagen. Ben nu wel erg nieuwsgierig geworden naar die Sloughi!

[Borke]

Ik zal er eens een mailtje aan wagen. Ben nu wel erg nieuwsgierig geworden naar die Sloughi!

Ik ben benieuwd naar de reactie!
Hoor je niets, dan wil ik het ook graag weten.

Ik heb 20 jaar geleden ook aan de basis van de Maine Coon database gewerkt, waar Pawpeds uit is voortgekomen en uit die tijd ken ik Ulrika Olsson, die de eigenaar van Pawpeds is.

[Lizzy]

Volgens mij zijn het allemaal Amerikaanse honden en hebben ze meerdere individuele honden per ras gebruikt om DNA van te nemen. Ik heb onze vragen (ook die van jou Boeffie Blafmans) gesteld (via de facebook groep) dus wie weet krijg ik daarop nog wel antwoord (en dan horen jullie het ook natuurlijk).

[mizzsylver]

Is ook bekend waardoor de Sloughi duidelijk lager scoort? Heeft dat ras meer founders, minder populaire reuen, een open stamboek waar ook gebruik van wordt gemaakt, of een andere invloed?

Als je de uitgebreide PDF bekijkt (http://dmm.biologists.org/content/dmm/9 ... ith-ds=yes) zie je in de tabel S1 dat die lage score van de sloughi van de Whole genome sequence komt en dat is maar dna van 1 hond. Als je dan dus net een hond hebt die niet erg is ingeteeld heb je die lage waarde. Dat vind ik wel een nadeel van deze studie, die WGS is bij bijna alle rassen van maar 1 individu.

Misschien ook wel leuk om te weten, via Carol kun je DNA van je eigen hond laten testen en dan krijg je die WGS waarde dus van je eigen hond. Plus nog een hoop meer: http://www.instituteofcaninebiology.org ... eport.html
Ik heb van Dali een swap opgestuurd, mijn combifok pup met een COI van 0,5% over 10 generaties. Over alle generaties 2,5% en dat wordt alleen maar meer omdat ik nog niet helemaal tot de founders heb ingevoerd. Heel benieuwd dus naar de berekende waarda uit haar DNA.

[pike]

Ik mag aannemen dat de aantallen per ras en hun herkomst in het artikel staan. Maar dat is dus nog niet verschenen en ligt nog bij de drukker:
Dreger DL, M Rimbault, BW Davis, A Bhatnagar, HG Parker, & EA Ostrander. 2016. Whole genome sequence, SNP chips and pedigree structure: building demographic profiles in domestic dog breeds to optimize genetic trait mapping. (MS in press).

De link die Lizzy geeft betreft een recensie, niet het complete artikel (By Carol Beuchat PhD A new study in press (Dreger et al 2016))

Hier http://dmm.biologists.org/content/9/12/1445 staat nog een samenvatting van het artikel.

Ik heb hem nog niet gelezen dus weet niet of het hier wel in staat.

[Lizzy]

Als je de uitgebreide PDF bekijkt (http://dmm.biologists.org/content/dmm/9 ... ith-ds=yes) zie je in de tabel S1 dat die lage score van de sloughi van de Whole genome sequence komt en dat is maar dna van 1 hond. Als je dan dus net een hond hebt die niet erg is ingeteeld heb je die lage waarde. Dat vind ik wel een nadeel van deze studie, die WGS is bij bijna alle rassen van maar 1 individu.

Misschien ook wel leuk om te weten, via Carol kun je DNA van je eigen hond laten testen en dan krijg je die WGS waarde dus van je eigen hond. Plus nog een hoop meer: http://www.instituteofcaninebiology.org ... eport.html
Ik heb van Dali een swap opgestuurd, mijn combifok pup met een COI van 0,5% over 10 generaties. Over alle generaties 2,5% en dat wordt alleen maar meer omdat ik nog niet helemaal tot de founders heb ingevoerd. Heel benieuwd dus naar de berekende waarda uit haar DNA.

Ohhww, wil je ons de uitkomst laten weten als je die hebt? Ik vind de test wel duur (ik dacht 145 dollar?). Maar, het is met recht wel interessant. Ik denk dat ik ook een test laat uitvoeren uit de pups van Guinness en Frou Frou. Over 10 generaties is het COI 0%. En tot aan zo ver ik de honden in mijn database heb staan (variërend van 13 generaties, dat is dus minimaal, tot 35 en soms 40 generaties is dat 1,2% - helaas hebben wij onze stambomen tot aan de founders niet compleet. Nergens. En we weten ook simpelweg niet wie de founders zijn en dus ook niet hoeveel het er zijn). En dan is het wel heel boeiend om te weten wat er uit de test komt! Ik ga dat voor mijn huidige honden niet laten berekenen, we weten al gewoon dat dit hoog is (over alle generaties gemeten zitten mijn andere ronden rond de 11% - heb ik wel meer generaties compleet voor hen dan voor de combinatie Guinness x Frou).

[Lizzy]

ICB Breeder Tool

includes

DNA Health & Trait Testing
Online ICB Breeder Tool
Diversity Certification

Special price during beta testing!

​$165
per dog

[mizzsylver]

Ja het kost wat
Nu tijdens de beta doet ze het via embarkvet https://embarkvet.com/
Dus dat krijg je ook, en de raw data file moet ik dan aan haar doorsturen en dan laat ze haar software er nog op los.
De swab is gister aangekomen in Austin, Texas en de doorlooptijd is 4-6 weken. Nog even geduld dus, maar ik zal jullie op de hoogte houden

[Esther Q]

Als je de uitgebreide PDF bekijkt (http://dmm.biologists.org/content/dmm/9 ... ith-ds=yes) zie je in de tabel S1 dat die lage score van de sloughi van de Whole genome sequence komt en dat is maar dna van 1 hond. Als je dan dus net een hond hebt die niet erg is ingeteeld heb je die lage waarde. Dat vind ik wel een nadeel van deze studie, die WGS is bij bijna alle rassen van maar 1 individu.

Oh, echt? Wat goed van jou dat je dat hebt opgezocht! Dat zou iig alles verklaren.

Via Borkes link heb ik iemand van de Sloughi's gemaild en al meteen het antwoord gekregen dat haar die lage coi ook was opgevallen, maar dat dat totaal niet kan kloppen als gemiddelde over meerdere honden.

Ik ben erg benieuwd naar Carols reactie, als die er komt!

[Angelique]

Het zou me overigens niet verbazen als de situatie in de VS ernstig verschilt met europa. Ze hebben daar natuurlijk een heel ander foksysteem met hun "breeding rights" en het tot voor kort alles gecastreerd de deur uit doen. Daar gooi je heel veel genetisch materiaal mee weg en het groepje honden waar daadwerkelijk mee gefokt wordt krimpt op deze manier aanzienlijk. Zou je hier bij gebleken ongeschiktheid mogelijk nog uit kunnen wijken naar een zus of broer die ooit als huishond verkocht is, dat is dan daar uitgesloten omdat je ze als pet en gecastreerd verkocht hebt.

[joel]

Is ook bekend waardoor de Sloughi duidelijk lager scoort? Heeft dat ras meer founders, minder populaire reuen, een open stamboek waar ook gebruik van wordt gemaakt, of een andere invloed?

Bij de azawakh worden er nog honden uit Afrika geïmporteerd, bij de toearegs vandaan, is het niet bij de Sloughi ook zo?
De Azawakh staat niet vermeld, weet ook niet hoe de COI eruit ziet bij dit ras

[Lizzy]

Het zou me overigens niet verbazen als de situatie in de VS ernstig verschilt met europa. Ze hebben daar natuurlijk een heel ander foksysteem met hun "breeding rights" en het tot voor kort alles gecastreerd de deur uit doen. Daar gooi je heel veel genetisch materiaal mee weg en het groepje honden waar daadwerkelijk mee gefokt wordt krimpt op deze manier aanzienlijk. Zou je hier bij gebleken ongeschiktheid mogelijk nog uit kunnen wijken naar een zus of broer die ooit als huishond verkocht is, dat is dan daar uitgesloten omdat je ze als pet en gecastreerd verkocht hebt.

Ik moet zeggen dat ik behoorlijk wat Amerikaanse honden in mijn database heb gezet (vanwege Guinness natuurlijk) en ook info heb bestudeerd en ook overleg heb gehad met ene James Seltzer (US Dalmatier fokker en hij heeft een stamboomdatabase opgezet en COI bestudeert van de Dalmaat) en ik vrees dat er weinig verschil valt te bemerken met de USA en Europa vwb de Dalmaat. Ik denk dat we met ons ras in Europa net zoveel wegkieperen aan genen. Hoeveel honden met stambomen ik wel niet voorbij heb zien komen die gewoon verdwenen zijn, niet meer terug te vinden zijn in ons ras, het is echt verschrikkelijk

Voor andere rassen is dit misschien wel anders hoor, dat weet ik natuurlijk niet.....

[Martine-Tom]

Ik moet zeggen dat ik behoorlijk wat Amerikaanse honden in mijn database heb gezet (vanwege Guinness natuurlijk) en ook info heb bestudeerd en ook overleg heb gehad met ene James Seltzer (US Dalmatier fokker en hij heeft een stamboomdatabase opgezet en COI bestudeert van de Dalmaat) en ik vrees dat er weinig verschil valt te bemerken met de USA en Europa vwb de Dalmaat. Ik denk dat we met ons ras in Europa net zoveel wegkieperen aan genen. Hoeveel honden met stambomen ik wel niet voorbij heb zien komen die gewoon verdwenen zijn, niet meer terug te vinden zijn in ons ras, het is echt verschrikkelijk

Voor andere rassen is dit misschien wel anders hoor, dat weet ik natuurlijk niet.....

Zit er bij de dal nog verschil in inteelt % in HUA en LUA?

[Lizzy]

Zit er bij de dal nog verschil in inteelt % in HUA en LUA?

Ja en nee. Gemiddeld genomen hangt het er vanaf naar welke generatie LUA's je kijkt. In den beginne hebben ze met de LUA's echt super krappe lijnteelt gedaan. Kom je echt honden tegen met een COI van 28% over 10 generaties gemeten. Dus ja, op het moment dat je de nakomelingen daarvan gaat uitkruisen met HUA's, krijg je lage COI's. Maar het is wel bij de gratie van die krappe inteelt in den beginne dat er verschil zit in het COI van de LUA's en HUA's. Uiteindelijk gaan die verschillen weer minder groot worden.

Even aan de hand van een voorbeeld (en dan reken ik even met 10 generaties). Guinness heeft een COI van 2,4% (hij is immers een HUA x LUA). Frou Frou heeft een COI van 8%. Zij is HUA. Frou Frou x Guinness = COI van 0%. Ga ik een nakomeling dan weer kruisen met een Europese HUA en gut, laat ik nou voor het voorbeeld is de prachtige reu van Erna kiezen daarvoor (bijvoorbeeld Billy), dan hebben die pups weer een COI van 4%. Ga ik met een nakomeling daarvan weer naar een Europese HUA die niet eens zo strak aan de voorgaande Europese honden verwant is, zit je al weer zo op een COI van 6%. Dat schiet dus best weer hard omhoog en dat zie je natuurlijk de USA ook gebeuren, met de LUA's waarmee ze nu of naar andere LUA's of naar HUA's gaan.

Maar op het volgende vraagstuk heb ik dan ook nog nooit echt goed antwoord gekregen. Stel nou voor he, dat alle fokkers ineens "het licht zien" en geen krappe lijnteelt meer doen maar proberen om zo'n laag mogelijk COI te fokken. Dan is je populatie honden binnen xx jaar allemaal aan elkaar verwant. En kun je met goed fatsoen dus echt nooit meer een soort-van-outcross doen binnen je eigen ras. De stamboom van al deze honden gaan dan ook van hot naar her en je kunt dan nog steeds bepaalde honden nooit ontlopen, want die zitten ook overal verspreid over je populatie. En schiet je daar uiteindelijk wat mee op?

[Martine-Tom]

Ja en nee. Gemiddeld genomen hangt het er vanaf naar welke generatie LUA's je kijkt. In den beginne hebben ze met de LUA's echt super krappe lijnteelt gedaan. Kom je echt honden tegen met een COI van 28% over 10 generaties gemeten. Dus ja, op het moment dat je de nakomelingen daarvan gaat uitkruisen met HUA's, krijg je lage COI's. Maar het is wel bij de gratie van die krappe inteelt in den beginne dat er verschil zit in het COI van de LUA's en HUA's. Uiteindelijk gaan die verschillen weer minder groot worden.

Even aan de hand van een voorbeeld (en dan reken ik even met 10 generaties). Guinness heeft een COI van 2,4% (hij is immers een HUA x LUA). Frou Frou heeft een COI van 8%. Zij is HUA. Frou Frou x Guinness = COI van 0%. Ga ik een nakomeling dan weer kruisen met een Europese HUA en gut, laat ik nou voor het voorbeeld is de prachtige reu van Erna kiezen daarvoor (bijvoorbeeld Billy), dan hebben die pups weer een COI van 4%. Ga ik met een nakomeling daarvan weer naar een Europese HUA die niet eens zo strak aan de voorgaande Europese honden verwant is, zit je al weer zo op een COI van 6%. Dat schiet dus best weer hard omhoog en dat zie je natuurlijk de USA ook gebeuren, met de LUA's waarmee ze nu of naar andere LUA's of naar HUA's gaan.

Maar op het volgende vraagstuk heb ik dan ook nog nooit echt goed antwoord gekregen. Stel nou voor he, dat alle fokkers ineens "het licht zien" en geen krappe lijnteelt meer doen maar proberen om zo'n laag mogelijk COI te fokken. Dan is je populatie honden binnen xx jaar allemaal aan elkaar verwant. En kun je met goed fatsoen dus echt nooit meer een soort-van-outcross doen binnen je eigen ras. De stamboom van al deze honden gaan dan ook van hot naar her en je kunt dan nog steeds bepaalde honden nooit ontlopen, want die zitten ook overal verspreid over je populatie. En schiet je daar uiteindelijk wat mee op?

Zo dan, dat gaat idd rap!
Het lijkt er dan bijna op dat rashonden fokken tegen zijn eigen grenzen op gaat lopen...
Zelfs als je echt een outcross gaat doen, neem even een dal en een dh voor mijn part...dan loop je weer binnen de kortste keren tegen een hoog % aan omdat dan iedereen op die honden gaat duiken. Met zomaar 1 outcross kom je er dan dus niet.
Zou er uberhaubt een echte oplossing voor zijn?