Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Hier kunnen jullie lekker kletsen. Dit board is dus niet bedoeld voor serieuze voedings/gezondheidsvragen!

Moderators: Lizzy, Charlie Angel, eelke

Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Lizzy
Moderator
Berichten: 74924
Lid geworden op: ma 24 mar 2003, 19:28
Contacteer:

Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Bericht door Lizzy »

Inbreeding of purebred dogs determined from DNA
12/25/2016

By Carol Beuchat PhD
A new study in press (Dreger et al 2016) reports heterozygosity (inbreeding) for 112 dog breeds, determined several different ways. They computed inbreeding from pedigree data for 5, 10, and all generations in the database. They also determined genomic inbreeding using DNA analysis of SNPs (single nucleotide polymorphisms) as well as whole genome analysis.

I have graphed the data for inbreeding (below) determined from DNA analysis (from their table S2). It is presented both alphabetically by breed (left) and by magnitude of the inbreeding coefficient (right). The lines indicate three levels of inbreeding: green is 6.25% (the result of mating first cousins), yellow is 12.5% (the result of mating half-sibs), and red is 25% (the result of a full-sib cross). For perspective, evidence of inbreeding depression in mammals (e.g., lower fertility, smaller litters, higher puppy mortality, shorter lifespan, etc) first appears at about 5% inbreeding, and the costs of inbreeding (including incresed expression of recessive mutations) usually outweigh the benefits above about 10%. (Read more about the costs and benefits of inbreeding.) Only the Sloughi is less than 6%, and the Chihuahua, Jack Russell Terrier, Tibetan Mastiff, and Spanish Water Dog are less than 12%. There are perhaps 20 breeds with inbreeding of less than 25%, and the rest are 25% or more.

The highest level of inbreeding by far (> 80%) is for the Norwegian Lundehund. This breed suffers from extremely low fertility and high puppy mortality as well as an often lethal gastrointestinal disorder. As a last effort to save it from extinction, it is now the focus of a cross-breeding program supported by the Norwegian Lundehund club and guided by an international group of scientists who are now reporting the successful production of F2 offspring.

Dit zijn de rashonden getest op alfabetische volgorde:
Afbeelding

Dit zijn dezelfde rashonden maar dan gesorteerd op inteelt coefficient:
Afbeelding

Het complete artikel staat hier: http://www.instituteofcaninebiology.org ... d-from-dna

En heeeeel in het kort komt het hier op neer: ze hebben DNA analyses gedaan bij rashonden, bij behoorlijk wat rassen. En de uitkomst is dat alleen het gemiddelde inteelt coefficient van de Sloughi lager is dan 6,25% (en je moet je daarbij voorstellen dat dit het resultaat is van een neef x nicht). Er zijn een paar rassen die onder de 12% zitten (de Chihuahua, Jack Russel, Tibetaanse Mastiff, Spaanse Waterhond) en bij 12% moet je denken aan een halfbroer x halfzus combinatie), dan zijn er ongeveer 20 rassen die tussen de 12% en 25% zitten (en dat is het resultaat van een broer x zus dekking) en de rest zit boven de 25% :-X
Gebruikersavatar
judith vd
5-sterren
5-sterren
Berichten: 859
Lid geworden op: do 01 jul 2010, 14:37

Re: Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Bericht door judith vd »

Daar word je stil van.
MillyMol
5-sterren
5-sterren
Berichten: 2108
Lid geworden op: di 03 jun 2014, 21:00
Locatie: Hongarije

Re: Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Bericht door MillyMol »

Pfff, de Engelse Cocker zit ook ruim in de gevaren zone. Vind je het goed Lizzy wanneer ik je post kopieer naar een forum voor ECS met verwijzing naar het artikel?
Gebruikersavatar
Hope
5-sterren
5-sterren
Berichten: 9538
Lid geworden op: do 21 jul 2011, 13:30

Re: Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Bericht door Hope »

:-X
Jemig.
smulpaap
5-sterren
5-sterren
Berichten: 11793
Lid geworden op: ma 08 mar 2010, 13:14

Re: Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Bericht door smulpaap »

Poeh :-X

Wij overwegen voorlopig in alle rust verder
Gebruikersavatar
AnnemiekevD
5-sterren
5-sterren
Berichten: 590
Lid geworden op: vr 19 sep 2014, 13:01

Re: Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Bericht door AnnemiekevD »

:o :-X
Dat is toch niet meer goed te krijgen? Moet er massaal aan outcross gedaan gaan worden? Maar dat is dan eigenlijk ook inteelt op andere inteelt :-\
Gebruikersavatar
pearlsofpassion
Moderator
Berichten: 16200
Lid geworden op: di 26 jul 2011, 16:20
Locatie: Herzele (België)

Re: Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Bericht door pearlsofpassion »

Heel eerlijk, om dit recht te trekken moet je om te beginnen samenwerken en iemand met kennis van zaken de paren laten samenstellen. Want gewoon zoveel mogelijk outcrosskiezen kan wel voordelig zijn voor je eigen nest maar niet noodzakelijk voor de gehele populatie. Het is een vrij moeilijk stuk populatieleer om te begrijpen en het voelt contra intuitief maar je moet de zeldzame genen proberen te bewaren en vermijden dat ze door genetic drift verdwijnen en dat vraagt een speciale aanpak. Ik weet niet precies meer hoe het zit maar ik weet nog dat ik het onlogisch vond en het moeilijk begreep.
Dat lukt alleszinds niet als iedereen over zijn eigen nesten combi's beslist, zelfs niet als ze dat allemaal zo goed mogelijk zoiden proberen te doen.

Verder moet je de gesloten stambomen vergeten want het is wel duidelijk dat er gewoon te weinig genetische variatie binnen de rassen aanwezig is.
Dat zie ik ook niet snel gebeuren...
Lizzy
Moderator
Berichten: 74924
Lid geworden op: ma 24 mar 2003, 19:28
Contacteer:

Re: Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Bericht door Lizzy »

MillyMol schreef:Pfff, de Engelse Cocker zit ook ruim in de gevaren zone. Vind je het goed Lizzy wanneer ik je post kopieer naar een forum voor ECS met verwijzing naar het artikel?
Tuurlijk!
Lizzy
Moderator
Berichten: 74924
Lid geworden op: ma 24 mar 2003, 19:28
Contacteer:

Re: Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Bericht door Lizzy »

AnnemiekevD schreef::o :-X
Dat is toch niet meer goed te krijgen? Moet er massaal aan outcross gedaan gaan worden? Maar dat is dan eigenlijk ook inteelt op andere inteelt :-\
Als je een ras neemt dat niet verwant is aan jouw ras, is dat wel outcross te noemen hoor. En als je twee zeer zwaar geinteelde honden kruist die niet aan elkaar verwant zijn, is het inteelt percentage van de pups 0%.
Lizzy
Moderator
Berichten: 74924
Lid geworden op: ma 24 mar 2003, 19:28
Contacteer:

Re: Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Bericht door Lizzy »

pearlsofpassion schreef:Heel eerlijk, om dit recht te trekken moet je om te beginnen samenwerken en iemand met kennis van zaken de paren laten samenstellen. Want gewoon zoveel mogelijk outcrosskiezen kan wel voordelig zijn voor je eigen nest maar niet noodzakelijk voor de gehele populatie. Het is een vrij moeilijk stuk populatieleer om te begrijpen en het voelt contra intuitief maar je moet de zeldzame genen proberen te bewaren en vermijden dat ze door genetic drift verdwijnen en dat vraagt een speciale aanpak. Ik weet niet precies meer hoe het zit maar ik weet nog dat ik het onlogisch vond en het moeilijk begreep.
Dat lukt alleszinds niet als iedereen over zijn eigen nesten combi's beslist, zelfs niet als ze dat allemaal zo goed mogelijk zoiden proberen te doen.

Verder moet je de gesloten stambomen vergeten want het is wel duidelijk dat er gewoon te weinig genetische variatie binnen de rassen aanwezig is.
Dat zie ik ook niet snel gebeuren...
Ik ben dit helemaal 200% met je eens. Je hebt hier geleerden voor nodig. Die een RV helpen met wanneer uit te kruisen en hoe daarna weer verder te gaan. Het heeft totaal geen zin om zo maar een dotje te gaan doen. Je moet laten berekenen hoeveel reuen en teven je in je fokkerij nodig hebt om je ras gezond te houden, je moet weten welke percentages je maximaal aan inteelt mag fokken wil je je COI van je ras niet sneller aan te laten groeien tot xx% (zodat er ook nog wat ruimte overblijft voor natuurlijke mutatie), etc. etc. Ik denk dat de meeste RV's dit soort geleerden niet in huis hebben. Maar ik zie daar ook een taak voor de RvB. En dan niet alleen die in NL, maar gewoon te beginnen met Europa. Ik denk zelfs dat RV's aan het handje genomen moeten gaan worden. En dat daar dus fok-adviezen uit kunnen gaan rollen. Waar dan bij voorkeur iedere fokker zich ook aan houdt. Ik droom nog ff verder.
MillyMol
5-sterren
5-sterren
Berichten: 2108
Lid geworden op: di 03 jun 2014, 21:00
Locatie: Hongarije

Re: Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Bericht door MillyMol »

En ik vind verder nog dat de rasverenigingen de grenzen voor raskenmerken niet steeds verder moeten oprekken en honden die er ‘prachtig' uitzien, maar die een inteelt coëfficiënt hebben van ?% (? = vast te stellen door experts maar ik heb net iets gelezen waarin staat dat een COI >5% al kans geeft op negatieve effecten op het ras en 10% echt de bovengrens is) moeten uitsluiten van shows.
Sterker nog: voor alle rassen zou bepaald moeten worden hoe de raskenmerken waren toen het COI nog onder de 5% was en dat is het.
Gebruikersavatar
Kaio
5-sterren
5-sterren
Berichten: 10250
Lid geworden op: za 20 aug 2005, 12:01
Locatie: Duitsland

Re: Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Bericht door Kaio »

MillyMol schreef:En ik vind verder nog dat de rasverenigingen de grenzen voor raskenmerken niet steeds verder moeten oprekken en honden die er ‘prachtig' uitzien, maar die een inteelt coëfficiënt hebben van ?% (? = vast te stellen door experts maar ik heb net iets gelezen waarin staat dat een COI >5% al kans geeft op negatieve effecten op het ras en 10% echt de bovengrens is) moeten uitsluiten van shows.
Sterker nog: voor alle rassen zou bepaald moeten worden hoe de raskenmerken waren toen het COI nog onder de 5% was en dat is het.
Gewoon geen shows meer :biggrin2: Want zolang er shows zijn blijft uiterlijk het belangrijkst (+de ego's)

Aankeuringen dan icm met wat POP en Lizzy zeggen. Echte experts en niet van die mensen die al 20 jaar het ras hebben en daardoor zelfbenoemd expert zijn.
Enige wat ik dan mis is het stukje naar karakters en werkdrift kijken, maar goed ook dat kun je met wat aankeuringen doen oid.

Ik schrik niet van de waardes, tja in zoverre dat ik het allang terugzag in de stambomen van mijn honden en van iedere newf, ook uit andere "lijnen". Moeten eigenlijk gewoon af van "lijnen" want dat is nu juist hetgeen wat je niet wilt. Jawel want quote uit nestkeuringen "wat een mooi homogeen nest" Mijn vrije verrtaling: ze lijken zo veel op elkaar, dus weinig genetische varieteit. En dan weet ik dat het allemaal hetzelfde verloopt bij andere rassen.
Eigenlijk is het best arrogant om te zeggen, ik doe lijnteelt zodat ik alle goede stevig eigenschappen vastleg. Eh uh en de slechte dan? Die je niet kunt zien dan? Hebben ze die niet dan?

pfffff het gaat heel heel moeilijk worden om het te veranderen, en het gaat nog heel moeilijk worden om rassen gezonder te krijgen, want daarvoor zou je de hele "cultuur"eerst moeten kunnen veranderen.
Gebruikersavatar
Angelique
5-sterren
5-sterren
Berichten: 27118
Lid geworden op: ma 08 mar 2004, 21:01
Locatie: Provincie Groningen

Re: Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Bericht door Angelique »

Kaio schreef:Gewoon geen shows meer :biggrin2: Want zolang er shows zijn blijft uiterlijk het belangrijkst (+de ego's)

Aankeuringen dan icm met wat POP en Lizzy zeggen. Echte experts en niet van die mensen die al 20 jaar het ras hebben en daardoor zelfbenoemd expert zijn.
Enige wat ik dan mis is het stukje naar karakters en werkdrift kijken, maar goed ook dat kun je met wat aankeuringen doen oid.

Ik schrik niet van de waardes, tja in zoverre dat ik het allang terugzag in de stambomen van mijn honden en van iedere newf, ook uit andere "lijnen". Moeten eigenlijk gewoon af van "lijnen" want dat is nu juist hetgeen wat je niet wilt. Jawel want quote uit nestkeuringen "wat een mooi homogeen nest" Mijn vrije verrtaling: ze lijken zo veel op elkaar, dus weinig genetische varieteit. En dan weet ik dat het allemaal hetzelfde verloopt bij andere rassen.
Eigenlijk is het best arrogant om te zeggen, ik doe lijnteelt zodat ik alle goede stevig eigenschappen vastleg. Eh uh en de slechte dan? Die je niet kunt zien dan? Hebben ze die niet dan?

pfffff het gaat heel heel moeilijk worden om het te veranderen, en het gaat nog heel moeilijk worden om rassen gezonder te krijgen, want daarvoor zou je de hele "cultuur"eerst moeten kunnen veranderen.
Een lijn is niks anders dan de familie van een ander. Mijn lijn ging van Dusty t/m Angels en mijn nieuwe lijn begint bij Katja en de Kattekinders en zo heeft iedere fokker zijn/haar "lijn". Die van Lizzy begint bij Bisq en de koekjes en wordt vervolgd. En naar believen kun je voor een reu kijken in andermans lijn en dan is het los van de term "lijn" of de reu uit een onverwante lijn komt of een sterk verwante. Van het begrip "lijn" ga je dus niet afkomen.
Shanti en co
5-sterren
5-sterren
Berichten: 2028
Lid geworden op: vr 27 apr 2012, 17:09

Re: Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Bericht door Shanti en co »

Helaas verrast het me niks, hoe mee ik me in genetica en rashonden verdiep hoe triester ik er van wordt.

Er zijn een paar outcross projecten gaande maar dat zijn er veel te weinig en veel mensen zijn alsnog tegen, ondanks dat het steeds duidelijker wordt dat het wel echt nodig is.
Bij de wetter is er een tweede vereniging opgericht omdat een deel van de mensen het niet aankon dat er outcross zou gebeuren, owjw want een COI van 35% op de stamboom is geen probleem. ::)
Bij de stabij is er een prachtige analyse gemaakt door de WUR die duidelijk laat zien dat er wat moet gebeuren maar de RvB wil dat de twee rasverenigingen samenwerken dus dat kan ook nog wel even duren ben ik bang, dat was vast niet de bedoeling van de RvB...
Ook bij de Lundehund zijn er nog genoeg fokkers die niet snappen waarom het ras "verpest" wordt met kruisingen.

Dit is wel een interessante blog met een heleboel interessante links: Impish Iggies
Gebruikersavatar
Kaio
5-sterren
5-sterren
Berichten: 10250
Lid geworden op: za 20 aug 2005, 12:01
Locatie: Duitsland

Re: Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Bericht door Kaio »

Angelique schreef:Een lijn is niks anders dan de familie van een ander. Mijn lijn ging van Dusty t/m Angels en mijn nieuwe lijn begint bij Katja en de Kattekinders en zo heeft iedere fokker zijn/haar "lijn". Die van Lizzy begint bij Bisq en de koekjes en wordt vervolgd. En naar believen kun je voor een reu kijken in andermans lijn en dan is het los van de term "lijn" of de reu uit een onverwante lijn komt of een sterk verwante. Van het begrip "lijn" ga je dus niet afkomen.
Ok begrijp het zo zag ik het even niet meer, ik zag het te vaak samenvallen met neef/nicht combi's enzo. Maar je hebt helemaal gelijk :biggrin2: ;)

Re: Inteelt Coefficient rashonden bepaald dmv DNA

Plaats reactie